出口通关作业流程如下：
申报：
1.电子商务企业(以下简称“电商企业”)或个人、物流企业应在电子商务出口货物申报前，分别向海关提交订单、支付、物流等信息。订单信息应包括订单号、运单号、商品名称、数量、金额等信息，支付信息应包括支付金额等信息，物流信息应包括运单号、承运货物的订单号、运抵国等。
2.以电商企业对企业(以下简称“B2B”)模式出口的货物，电商企业应向海关提交“中华人民共和国海关出口货物报关单”(以下简称“出口货物报关单”)或“中华人民共和国海关出境货物备案清单”(以下简称“出境备案清单”)，办理出口货物通关手续。“出口货物报关单”及“出境备案清单”中相应增加“电子商务”字段，以示区分跨境电子商务出口货物。
3.以电商企业对个人(以下简称“B2C”)模式出口的货物，电商企业应向海关提交“中华人民共和国海关跨境贸易电子商务进出境货物申报清单”(以下简称“货物清单”)，办理出口货物通关手续，海关不再将“货物清单”汇总成“出口货物报关单”或“出境备案清单”，“货物清单”数据在放行结关后纳入统一的海关数据归口管理。对不涉及出口征税、出口退税、许可证件管理且金额在人民币5000元以内的电子商务出口货物，电商企业可以按照“进出口税则”4位品目进行申报;对超过5000元以及涉及出口征税、出口退税、许可证件管理的电子商务出口货物，按现行通关管理规定办理通关手续。
4.电商企业需修改或者撤销“货物清单”的，按照海关现行进出口货物报关单修改或者撤销有关规定办理。
5.以 B2B模式出口货物的转关手续，按照海关现行货物转关管理规定办理;以B2C模式出口货物的转关手续，采用直接转关方式，品名以总运单形式输入“跨境电子商务商品一批”，并附商品清单，出口货物舱单按照总运单进行管理和核销。
6.除特殊情况外,“出口货物报关单”“出境备案清单”和“货物清单”应采取通关无纸化作业方式进行申报。
查验：
7. 海关按照现行风险管理和查验管理规定的要求，通过利用信息技术等手段，对出口货物进行布控和查验，同时实施不限时间、不限频率的机动查验。海关实施查验时，电商企业、海关监管场所经营人应按照有关规定提供便利，配合海关查验。电商企业、物流企业、海关监管场所经营人发现涉嫌违规或走私行为的，应主动报告海关。
征税：
8.以B2B、B2C模式出口的货物，出口关税及出口环节代征税按照现行规定征收。
放行：
9.电子商务出口货物的查验、放行手续应在海关监管场所内实施。
10.电子商务出口货物放行后，电子商务企业应按照规定接受海关后续管理。
11.以B2B模式出口的货物发生退换货等情况，按照海关现有规定办理;以B2C模式出口的货物发生退换货等情况，退运货物应通过原出口的海关监管场所退回，并接受海关监管。
