(1) 跨境电子商务企业对货物的可控性差
跨境电商企业出于自身实力和运营成本考虑选择第三方物流服务模式，实际上也等于将对物流环节的控制权让渡给了第三方物流公司。
跨境物流时间一般都比较长，在这个过程中跨境电商企业由于信息不对称等原因无法对货物进行有效的追踪和掌控，这显然不利于企业从整体上把握跨境电商流程。同时，在跨境物流服务的范围、效率和质量上，跨境电商企业也受制于第三方物流公司。
(2) 难以满足客户个性化的物流服务需要
第三方物流公司面向的是所有电商客户，因此提供的是专业化、标准化的物流服务，以便能够最大限度地满足多数电商企业的物流服务诉求。从长尾理论来看，第三方物流模式针对的是市场“头部”，因而难以满足个性化、多元化的长尾诉求。
然而，在竞争日益激烈的跨境电商市场中，为了最大限度地优化客户的跨境电商体验、增强客户黏性，卖家对定制化、个性化的跨境物流服务需求不断增多，这是第三方物流模式难以提供的。
